โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย สุราษฎร์ธานี จัดตั้งขึ้นในวโรกาส พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ รัชกาลที่ 9 ทรงครองราชสมบัติครบ 50 ปี ด้วยสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณอันสูงยิ่งที่ทรงมีน้ำพระทัยในการศึกษา กระทรวงศึกษาธิการจึงจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาขึ้นทั่วประเทศ 9 โรงเรียน

เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติและเป็นอนุสรณ์สถานทางการศึกษา ซึ่งต่อมาพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ รัชกาลที่ 9 ได้พระราชทานชื่อโรงเรียนว่า โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย สุราษฎร์ธานีในปี พ.ศ. 2538 โดยใช้สถานที่ตั้ง อำเภอไชยา จังหวัดสุราษฎร์ธานี ซึ่งเป็นพื้นที่ที่ผู้บริจาคที่ดิน คือพระภิรมย์ วิมโล, นายคล่อง เชื้อกลับและนายผัน ช่วยอยู่ ได้บริจาคไว้ให้กับกรมสามัญศึกษาบนเนื้อที่ประมาณ 56 ไร่ 2 งาน 50 ตารางวา โดยมีนายวิจารณ์ คุ้มไทย ผู้อำนวยการโร งเรียนไชยาวิทยา  ปฏิบัติหน้าที่ผู้บริหารโรงเรียนคนแรก

           พ.ศ. 2539 กรมสามัญศึกษา ได้แต่งตั้งให้นายบัญญัติ สุขขัง ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนสุราษฎร์พิทยา ทำหน้าที่รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ของโรงเรียน และเริ่มเปิดรับนักเรียนในปีการศึกษา 2539 เป็นปีแรก มีนักเรียนทั้งสิ้นจำนวน 92 คน โดยขอใช้สถานที่ตั้งโรงเรียนชั่วคราว ณ โรงเรียนไชยาวิทยา อำเภอไชยา จังหวัดสุราษฎร์ธานี

     โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัยสุราษฎร์ธานี รับสมัครนักเรียนทั้งประจำ และไป-กลับ ในเขตพื้นที่บริการ 5 จังหวัดภาคใต้ คือจังหวัดชุมพร จังหวัดนครศรีธรรมราช จังหวัดพัทลุง จังหวัดสงขลาและจังหวัดสุราษฎร์ธานี ตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 เป็นต้นไป รับทั้งนักเรียนประจำ และนักเรียนไป-กลับ ตั้งแต่ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 เป็นต้น ไปรับทั้งนักเรียนประเภทประจำและนักเรียนประเภทไป - กลับ